Covid-19 : pourquoi il faut absolument éviter que le variant anglais ne devienne majoritaire

Sofonea : Ce variant a été détecté en novembre principalement à Londres, dans le sud et l’est de l’Angleterre. Il faut savoir que le Royaume-Uni a une politique très volontariste de détection des variants : avec un effort de séquençage près de 50 fois supérieur à celui de la France, c’est le pays européen qui fournit le plus grand nombre de données de séquence de variants coronavirus SARS-CoV-2 pour alimenter la base de données GISAID.

Ce qui frappe quand on analyse la séquence de ce variant, c’est qu’on y décèle un nombre important de mutations par rapport aux autres variants en circulation : on en compte une vingtaine au total, alors que les autres n’en comportent en moyenne qu’une dizaine. Bon nombre de ces mutations touchent notamment la protéine Spike, au moyen de laquelle le virus entre dans les cellules humaines pour les infecter.

En menant des études phylogénétiques, qui permettent de suivre l’évolution du coronavirus dans le temps, on peut retracer l’émergence de ce variant à septembre, dans le sud-est de l’Angleterre. Cinq mois plus tard, on constate qu’il est non seulement présent dans des proportions élevées dans tout le Royaume-Uni et en Irlande, mais il a été officiellement détecté dans plus d’une cinquantaine de pays dans le monde.

TC : Connaît-on les raisons de ce succès ?

MS : Il y a trois façons de voir émerger un variant qui s’installe dans le paysage génétique d’une maladie virale :

• La première c’est le hasard. Il arrive, lorsqu’une épidémie est stationnaire ou en légère croissance, que de nouveaux variants neutres (c’est-à-dire épidémiologiquement équivalents aux autres) trouvent localement des situations qui peuvent favoriser leur propagation (rassemblement important de personnes dans un lieu clos par exemple). Si une telle situation s’offre à un variant et qu’il se retrouve à l’origine d’une flambée, il va finir par être davantage représenté que les autres variants en circulation. Tout se passe comme s’il était porté par cet effet d’amplification locale, surfant sur la vague créée localement pour se diffuser dans la population.




• La seconde possibilité est qu’émerge un variant porteur d’une (ou plusieurs) mutation(s) qui change radicalement sa capacité à se transmettre. Si les personnes qu’il infecte sont plus contagieuses que celles infectées par les variants déjà existants, on comprend aisément que ce variant finit par se propager plus rapidement.




• Enfin, troisième possibilité : un variant porteur de mutations qui lui permettrait de trouver une nouvelle « porte d’entrée » pour infecter des personnes qui étaient auparavant moins sensibles.

Dans le cas du variant anglais, le premier mécanisme est écarté par les analyses réalisées par nos collègues britanniques. Elles ont montré qu’une fois qu’une fois présent dans un territoire, sa fréquence a augmenté de façon relativement prédictible et homogène. Cette situation indique qu’il ne s’agirait donc pas d’un variant qui serait apparu « au bon endroit, au bon moment », et qui aurait profité de conditions favorables en marge de l’épidémie.

Il semble bien se transmettre plus rapidement que les autres variants circulants, sans que ce soit lié à un effet local particulier.

TC : En Angleterre il semblerait que l’émergence du variant britannique se soit accompagnée d’un décalage des infections vers les classes d’âge les plus jeunes. Cela plaide-t-il en faveur du troisième scénario ? Ce virus infecte-t-il plus facilement les plus jeunes ?

MS : Effectivement, nos collègues de l’Imperial College ont mis en évidence une surreprésentation de près de 25 % de ces classes d’âge parmi les contaminés par le nouveau variant, comparativement aux autres variants.

Il faut toutefois se souvenir que la situation en Angleterre était particulière quand ce variant a commencé à se répandre : le pays était confiné, mais les écoles étaient encore ouvertes. De ce fait, il s’agissait des seuls endroits ou une transmission importante pouvait se produire. Ce qui interpelle, c’est effectivement qu’on considérait que les classes d’âges concernées sont normalement les classes d’âge qui sont moins contagieuses que les autres (même s’il n’y a pas encore vraiment de consensus scientifique sur le sujet).

Cette situation fait qu’il est difficile de discriminer entre les deux derniers scénarios : plus de contagiosité ou une contagiosité ciblant des classes plus jeunes. Pour pouvoir trancher, il faudrait il faudrait vérifier ce qui se passe dans les autres pays, où les mesures sanitaires sont appliquées de façon différente (confinement avec écoles fermées par exemple).

Une autre possibilité serait de vérifier si l’augmentation d’infection chez les plus jeunes constatée en Angleterre a correspondu avec l’augmentation des séquences du variant. Mais pour cela il faudrait être certains que la détection du variant a été homogène sur la période étudiée. En outre les données disponibles ne permettent pas d’établir précisément le contexte des contaminations.

Quoi qu’il en soit, nous en saurons plus dans quelques semaines.

TC : A-t-on une idée des mécanismes virologiques qui expliqueraient le succès de ce virus ?

MS : Ils sont en cours d’investigation. Une explication avancée est qu’une ou plusieurs mutations affectant protéine Spike augmentent l’affinité de cette dernière pour les récepteurs ACE2 situés à la surface des cellules des voies aériennes que le virus infecte, facilitant l’entrée de ce variant. Il en résulte une plus grande infectivité des particules virales et donc une contagiosité accrue des porteurs.

Rappelons que la contagiosité peut être augmentée de deux façons : soit les personnes sont plus contagieuses parce qu’elles produisent plus de particules virales, soit à quantité de particules virales égales, celles-ci sont plus infectieuses parce qu’elles rentrent plus facilement dans les cellules du nouvel hôte. Si la facilité d’entrée est ici augmentée, est-ce que c’est aussi le cas de la quantité de production de particules virales ? On ne le sait pas encore.

TC : Ne pourrait-on pas aussi imaginer que le virus favorise des formes plus symptomatiques, dont on sait qu’elles favorisent la transmission (toux, nez qui coule…) ?

MS : Pour l’instant, rien n’indique que ce soit le cas : il n’y a pas à ma connaissance et à ce jour pas eu d’étude ayant montré une différence significative de manifestations cliniques des infections par ce nouveau variant. Globalement on n’observe pas de différence en termes de sévérité ou de létalité, ce qui est assez rassurant.

À ce sujet, on a pu entendre et lire à plusieurs reprises ces derniers jours qu’un variant plus contagieux est plus inquiétant qu’un virus plus létal. Il convient de nuancer ce propos.

Une augmentation de transmissibilité est problématique dans le cas où le système hospitalier s’avère incapable d’absorber l’afflux de malades. En effet, plus le virus se transmet facilement, plus le pic de tension hospitalière est élevé. Cependant, si l’on est en capacité de faire face à la vague d’hospitalisations ou si l’on s’intéresse aux conséquences de l’épidémie à plus long terme, les choses sont différentes.

Dans le contexte d’une épidémie telle que celle-ci, dont le nombre de reproduction peut monter jusqu’à 3 (en absence de mesures sanitaires), une augmentation hypothétique de la létalité quantitativement équivalente (environ +50 %) serait en fait plus préoccupante si ce nombre de reproduction dépasse 1,5. En effet, elle engendrerait alors un bilan de mortalité final plus important qu’une mutation portant sur la transmission.

(ndlr : aussi appelé « R effectif », le nombre de reproduction est une estimation, sur les 7 derniers jours, du nombre moyen d’individus contaminés par une personne infectée. Un R effectif inférieur à 1 signifie que l’épidémie régresse)

TC : Dans le cas présent, quel est l’impact attendu de cette augmentation de la transmissibilité sur le nombre de reproduction ?

MS : Les chercheurs de l’Imperial College ont estimé que dans le cas de ce nouveau variant, l’augmentation de la transmission était de l’ordre de 0,4 à 0,7 unité de nombre de reproduction (par rapport aux autres variants circulants).

La question qui se pose est la suivante : est-ce qu’il faut prendre en compte cette augmentation en ajoutant 0,4 au nombre de reproduction de l’épidémie (dans le cas où ce variant est effectivement capable de contaminer de nouvelles classes d’âge, ce qui lui permet d’augmenter de façon « forfaitaire » sa transmission) ou est-ce qu’il faut multiplier ce nombre de reproduction par 1,4 (dans le cas où ce virus est plus contagieux, mais sans avoir nécessairement changé de cible) ?

Si ce point n’est pas simple à trancher à partir des données actuelles, il ne contraint toutefois pas les projections pour la France qui actuellement présente un nombre de reproduction proche d’1 : les deux scénarios sont alors approximativement équivalents.

TC : Où en est l’épidémie dans notre pays ? Que disent les modèles de l’effet possible de ce nouveau variant ?

MS : L’épidémie n’est plus sous contrôle en France depuis une semaine et nous assistons actuellement à une hausse du niveau de circulation virale, avec un nombre de reproduction en croissance et estimé à 1,10 (entre 1,05 et 1,15) au 14 janvier. La propagation est exponentielle, mais plus lente qu’au début du mois d’octobre, avant que les mesures sanitaires ne se renforcent.

Cette hausse s’explique naturellement par l’effet du réveillon de Noël, toutefois plus modéré que ce qui était craint initialement. Mais il reste à estimer celui de la Saint-Sylvestre, qui a pu avoir un effet amplificateur de l’épidémie : les personnes infectées les 24 et 25 décembre étaient contagieuses une semaine après. Un tel effet sur l’actuelle épidémie en progression lente, auquel peut s’ajouter celui de la reprise scolaire et professionnelle de janvier, peut déclencher un net rebond. Si tel est le cas, il sera mesurable dans la semaine à venir.

Pour l’instant, en tenant compte de la sous-détection mentionnée précédemment, le variant anglais ne semble pas encore suffisamment présent pour affecter ledit nombre de reproduction au niveau national. Mais il pourrait changer la donne en deux mois.

Il faut se souvenir que le premier confinement, efficace, mais extrêmement drastique, avec de lourdes conséquences socio-économiques, avait ramené le nombre de reproduction de l’épidémie à 0,7. Si ce nouveau variant augmente le nombre de reproduction de l’épidémie de 0,4 à 0,7, on voit non seulement que le contrôle de l’épidémie est perdu, mais que même des mesures extrêmement coûteuses et stringentes telles que celles mises en place pendant la première vague ne seront plus efficaces. C’est la raison pour laquelle il faut freiner au maximum la progression de ce variant.

Mircea T. Sofonea, Maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses, laboratoire MIVEGEC, Université de Montpellier

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l’article original.